La primera cofradía que conocemos por su nombre fue la Cofradía de la Santísima Virgen María, fundada en París en el siglo XI. Más tarde, sobre todo bajo el patrocinio de los frailes franciscanos, se fundaron cofradías en honor a la Pasión del Señor y se dedicaron especialmente a la penitencia. Estas cofradías se hicieron famosas por sus procesiones penitenciales por las calles, especialmente durante la Semana Santa, como sigue siendo costumbre en toda España y América Latina. La orden de los dominicos fundó la Cofradía del Santo Rosario, y la Cofradía del Santísimo Sacramento que promueven la devoción a la Sagrada Eucaristía mediante oraciones públicas y procesiones del Corpus Christi.



Cuando la fe católica comenzó a extenderse más allá de Europa en el siglo XVI, los misioneros llevaron la tradición de las cofradías a los países en los que predicaban. Los historiadores reconocen que la rápida y entusiasta difusión de la fe en las misiones de América y Asia se debió en gran parte a la creación de cofradías a través de las cuales los nuevos cristianos podían participar en la labor de evangelización. Por ejemplo, en las misiones japonesas del siglo XVII, el número de sacerdotes era escaso. Sin embargo, las conversiones a la fe fueron muy numerosas allí porque los misioneros, especialmente los jesuitas, fundaron hermandades que se convirtieron en grandes instrumentos de evangelización. Cuando, más tarde, los sacerdotes católicos fueron prohibidos por completo en Japón, las hermandades laicas siguieron trabajando en secreto para mantener viva la fe católica durante siglos.